個體難以用肉眼觀察的一切微小生物之統(tǒng)稱。 微生物包括細菌、真菌、致病菌、病毒和少數藻類等。（但有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。）病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的“非細胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細胞。根據存在的不同環(huán)境分為空間微生物、海洋微生物等，按照細胞結構分類分為原核微生物和真核微生物
細菌也對人類活動有很大的影響。一方面，細菌是許多疾病的病原體，包括肺結核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細菌所引發(fā)。然而，人類也時常利用細菌，例如乳酪及酸奶和酒釀的制作、部分抗生素的制造、廢水的處理等，都與細菌有關。
真菌，是一種真核生物。最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括霉菌和酵母。現(xiàn)在已經發(fā)現(xiàn)了七萬多種真菌，估計只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入動物或植物，現(xiàn)在成為自己的界，分為四門。真菌自成一門，和植物、動物和細菌相區(qū)別。真菌和其他三種生物最大的不同之處在于，真菌的細胞有含甲殼素（又叫幾丁質、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。
一般所說的致病菌指的是病原微生物中的細菌。細菌的致病性與其毒力、侵入數量及侵入門戶有關。雖然絕大多數細菌是無害甚至有益的，但是相當大一部分可以致病。條件致病菌只在特定條件下致病，如有傷口可以允許細菌進入血液，或者免疫力降低時。 例如，金黃色葡萄球菌和鏈球菌也是正常菌群，?？梢源嬖谟隗w表皮膚，鼻腔而不引起疾病，但可以潛在引起皮膚感染，肺炎（pneumonia），腦膜炎（meningitis）敗血癥（sepsis)